La isla de Boipeba queda al sur de Bahía, justo debajo de la isla Tinaire (donde se encuentra el más conocido Morro de Sao Paulo). La vía clásica y más económica es cruzar la Bahía de Salvador, por barco, hasta la isla de Itaparica, que está conectada al continente mediante un puente. Se puede cruzar con Ferry desde el terminal marítimo de São Joaquim hasta Bom Despacho (esa es la opción más económica), o por barco desde el terminal marítimo ubicado frente al Mercado Modelo y que cruza hasta Mar Grande. A partir de cualquiera de estos puntos se prosigue por tierra hasta Valença. Desde Bom Despacho se puede tomar omnibus o taxi. Desde Mar Grande se puede tomar taxi, o bien una va hasta Nazaré y luego omnibus hasta Valença.
Desde el terminal fluvial de Valença hasta Vela Boipeba se puede tomar un barco común (tarda 4 horas) o una lancha rápida (tarda una hora y cuarto). También se puede proseguir por tierra hasta Torrinha, y tomar ahí una lancha hasta Velha Boipeba. Encontrará una descripción más detallada de todas estas opciones en el sitio de la Asociación de Moradores e Amigos de Boipeba

Desde el terminal marítimo ubicado frente al Mercado Modelo (en Salvador) también se puede tomar un Catamrán directo hasta el Morro de Sao Paulo, y desde ahí, tratar de conseguir una lancha rápida que vaya hasta Vela Boipeba, o bien algún Jeep 4x4 hasta la playa frente a Vela Boipeba y cruzar el rio do Inferno (que separa la isla de Tinharé de la de Boipeba) en lancha o canoa.

Finalmente, también existe la opción de un taxi aéreo, en pequeños aviones que salen del aeropuerto de Salvador y aterrizan en una pista privada ubicada al sur de la isla de Tinharé (los costos, obviamente, son de otra envergadura), desde donde cruzan en lancha hasta Velha Boipeba. Se ha dado también, a veces, el uso de helicóptero (aterrizando directamente sobre la playa de Velha Boipeba), para clientes del hotel Alizées Moreré, el más lujoso de la isla (administrado por unos franco brasileros) ubicado en Moreré, lo que ha motivado conflictos con otras pousadas y activistas preservacionistas (como Jacques Shindler, de la pousada Chalés Colibri, también en Moreré)

A partir de Velha Boipeba, las únicas opciones para llegar a Moreré o a "Cova da Once", son caminar o utilizar el tractor taxi (un especie de carro con asientos, arrastrado por un tractor)

La siguiente es una imagen de Google Earth (lamentablemente, la foto de alta resolución cubre solo la parte interior de la isla y no la costa con las playas), ubicando algunos puntos.